Mario apprend une fois de plus que la princesse a été enlevée par le méchant Bowser qui veut se marier de force avec cette dernière. Sans plus attendre, Mario part à la rescousse de Peach, cependant, une fois sur place, Bowser se retrouve être innocent. En réalité, c'est un certain conte Niark, qui a enlevé la princesse et veut même détruire le monde...