Je pense que c'est bien ça ^^.
A la base, Clannad est un Visual Novel (j'explique un peu ce que c'est dans mon dossier sur Zero Escape:
http://www.hedg.fr/forum/viewtopic.php? ... 192#p55291).
Dans le jeu, Tomoya peut finir avec n'importe laquelle des filles qu'on voit dans la Saison 1. Pour la série, ils ont choisi Nagisa. Le jeu a eu droit à une suite (sous-titré "After Story"), qui permettait de continuer l'histoire du premier volet. Donc pour la série, on ne voit que la suite avec Nagisa.
D'ailleurs, il y a un épisode (dans la S1 ou S2 je ne sais plus) qui résume +/- l'alternative avec une autre fille (je me souviens plus de son nom désolé :/).
Je terminerais juste en précisant que c'est assez courant au Japon d'adapter les VN à succès en anime (en vrac: Shingetsutan Tsukihime, Fate Stay Night, 11eyes). Evidemment, il est très difficile pour nous d'y jouer. Ils ne sont pratiquement jamais sortis en Europe ni aux US. Les seules traductions que l'on peut avoir nous viennent d'équipes de fan, mais vu la quantité de texte à traduire, seuls les plus connus sont concernés (et uniquement en anglais).